קיימות שתי שיטות מקובלות לניהול חשבונות:

הנהלת חשבונות חד- צידית
בשיטה זו נרשמים הכנסות והוצאות בלבד . הסיכום שלהם מבטא את רווחיות העסק . שיטה זו מתאימה בעיקר לעסקים קטנים.

הנהלת חשבונות כפולה
ברישום בשיטת הנהלת חשבונות כפולה, כל פעולה כספית נרשמת ברישום כפול, לחובה ולזכות.

בשיטה זו מקבלים ביטוי הן לרווחיות העסק, מצב נכסיה וחובותיה, ותזרים המזומנים שלה.

בחירת השיטה נבחרת לפי קריטריונים שונים בהתאם לתקנות מס הכנסה.